这2.2万名晚期癌症患者的血液里都测出来了什么基因突变?
为什么许多患者做了血液基因检测却没有结果?
这个问题分为两种情况:
①不同的公司,不同的技术平台确实存在灵敏度的差异,也就是血液里实际有肿瘤的基因变异,但是没有测出来,换了个靠谱的公司和技术平台就测出了结果。这个可以判断为“真不准”。
②病人血液里肿瘤细胞释放的DNA含量真的很少,而且动态性很大,2-4小时一半的游离DNA就被降解了,即便是数字PCR的十万分一的灵敏度也没有测出来。这个就不能判断为“不准”了,因为不能说一定要给出来测序结果,推荐的药物使用之后一定见效果,关于这一点,任何一个基因检测平台都做不了绝对的保证。
今天,《Clinical cancer research》发布的这项研究可以给出一个更为客观的结果。这一研究包含50多种类型的癌症,对21807名晚期癌症患者的血液样本进行深度测序,在血液样本中检测和分析了70多个癌症相关的基因变异。
如上图所示,可以看到多个癌症肿瘤血液基因检测出体细胞的频率,但不管是小细胞肺癌,非小细胞肺癌,还是乳腺癌等,没有任何一个癌症类型可以100%都能检测出基因突变,检测出基因突变的概率跟患者所患的癌症类型、病理分期有关,另外还有一些未知的其他原因,比如可能在癌细胞休眠的时期抽血,这个时候也往往测不到突变。
好,既然我们接受了不是100%地测出来,那么测出的结果,就一定准确吗?答案是基本上是准确的。
如上图所示,坐标轴的上面部分是组织样本检测的结果,下面是血液样本检测的结果,我们挑选出了TP53基因和EGFR基因,可以看到两种样本类型的一致性性还是很好(在同一个位置上面和下面的直线差不多是等长的)。
即便是存在部分变化也是个别肿瘤患者经过治疗所导致的。而且我们需要知道,即便是组织样本穿刺做基因检测,也有它的不足之处:
①不易获取,跟患者的体制特点有关。如果穿刺取样时,患者的体位发生改变,则往往穿刺不准确。取到了癌症病灶旁边的正常组织。
②即使是取到了组织,但是由于肿瘤的异质性,取样部位的癌细胞基因突变,不能代表其他未被穿刺取样的组织基因突变频谱。
③寻找耐药原因的时候,影像学CT观察到的肿瘤病灶变大,但是变大的原因是那一部分肿瘤细胞的增殖结果呢,是内部的,还是外部的,或者是某个区域的病灶呢,其实只有穿刺到正在增殖的癌细胞才能找到耐药的原因。
上面是组织样本穿刺活检做基因检测的一些不足,从这个方面看,其实难有什么完全绝对的样本类型。我们再看血液样本,下面是几种常见癌症类型,当肿瘤进展之后,再次血液样本做基因检测找到的耐药原因。
上面这个图中,灰色的部分是没有找到耐药的原因,这个概率还是不小的。左面图片非小细胞肺癌,耐药之后很长的那个黑色柱状图部分是T790M。其他的突变也有被检测到,但是灰色的那部分区域,是抽血没有测到基因变异,而且比例也很高。
我们再看上面这个图片,是对于一个EGFR基因L858R点突变病人的连续三次血液样本基因检测的结果,其实只在第三次测到了T790M突变开始出现,同时还伴随有低频度的MET基因扩增,这说明我们在选择抽血做基因检测的时机上,也需要格外注意。但是也不是说某一次什么也没有测到,或者是没有找到耐药原因,就完全放弃,这个其实也是不可取的。
总结一下,基因检测是我们其中的一项工具,我们认识肿瘤的武器还有肿瘤标志物,影像学CT检查,患者自身的体感,蛋白的免疫组化检查等等。在所有的检测技术之中,没有任何一种技术是绝对化的。
我们也不建议从事基因检测领域的工作人员做绝对承诺和保证。我们其实都在围绕“维护病人的利益”而努力,但是在这个过程之中,诚实确实无比重要的。
没有什么道路可以通往真诚,因为真诚本身就是道路。
参考文献:Oliver A. Zill, PhD,et al., The landscape of actionable genomic alterations in cell-free circulating tumor DNA from 21,807 advanced cancer patients, May 18, 2018, clinical cancer research